Film ini mengikuti petualangan ikonik SpongeBob SquarePants, spons laut paling ceria dari Bikini Bottom, yang ingin membuktikan bahwa dirinya benar-benar “besar” dan pantas dihormati — terutama di mata Mr. Krabs. Untuk itu, SpongeBob nekat mengikuti jejak The Flying Dutchman (si bajak laut hantu terkenal) dalam sebuah perjalanan laut yang penuh aksi dan humor ke kedalaman laut yang belum pernah dijelajahi sebelumnya, tempat bahaya dan kejutan menanti di setiap gelombang.